Des microbes au génome, repères sur l'organisation de la recherche médicale en France

J-F Picard, http://histrecmed.fr/
Dernière MAJ de ce texte : 12/2021


Aux origines de la recherche médicale, prévention et vaccination

Les prémisses de la médecine scientifique surgissent à l'hôpital au début du XIXème siècle avec l'essor de la nosologie, I.e. la classification des maladies, et de l'anatomopathologie, l'étude des lésions organiques révélées par la dissection post mortem. Mais ces disciplines ne présentaient guère d'autres perspectives thérapeutiques que l'intervention chirurgicale, laquelle devait d'ailleurs porter la clinique au sommet de son art et faire la réputation de l'Ecole de Paris. Au milieu du siècle, Claude Bernard introduit la physiologie au Collège de France, mais sans grand écho dans le corps médical faute d'applications thérapeutiques immédiates. A l'inverse, la microbiologie que Louis Pasteur installe dans l'institut éponyme pour la mise au point de vaccins, apportait des moyens d'action incomparables à la lutte contre les maladies infectieuses. Inauguré en 1887, l'Institut Pasteur devient ainsi un modèle d'organisme scientifique bientôt suivi par d'autres pays, le 'Rockefeller Institute for Medical Research' aux Etats-Unis, l' Association Kaiser Wilhelm (KWG) en Allemagne ou en France avec l'Institut du radium et l'Institut de biologie physico-chimique. Au XXème siècle, les deux guerres mondiales ont été propices au développement de la recherche aux armées - radiologie, chirurgie réparatrice et transfusion sanguine - et en santé publique. La Grande Guerre a ainsi vu le développement de la lutte anti-tuberculeuse grâce à l'intervention de la fondation Rockefeller et à son issue la création d'un premier ministère de la Santé et l'installation d'un Office national d'hygiène sociale. Vingt ans plus tard, le régime de Vichy organise la médecine préventive afin de parer aux privations subies par la population d'un pays occupé. Cette tâche est confiée à André Chevallier de la faculté de Marseille qui explique à son confrère Serge Huard, le chirurgien chargé du porte-feuille de la Santé, que : "le secrétariat d'Etat dont il a la charge /.../ ne (pourra) accomplir la besogne technique qui lui incombe et donc prendre la place qui lui revient de grand ministère technique qu'en ayant à côté de lui un organisme présentant toutes garanties scientifiques". Une loi de 1941 crée l'Institut National d'Hygiène (INH), chargé à l'origine de prendre les mesures nécessaires pour parer aux pénuries pharmaceutiques et alimentaires, conséquences de l'occupation, nutrition et vitamines, lutte contre les maladies infectieuses, etc. Ainsi, la recherche de laboratoire a-t-elle d'abord bénéficié à la prophylaxie avant de s'adresser à la médecine curative.

L'entre-deux-guerres, le clivage clinique - laboratoire

Dans l'entre-deux-guerres, le clivage s'est accentué entre la formation clinique donnée à l'hôpital et une médecine préventive née au sein du laboratoire. Dans un rapport sur l’enseignement médical en Europe établi à la veille de la Première Guerre mondiale, Abraham Flexner avait décrit les deux modes d’enseignement médial mis en œuvre  sur  le vieux continent, d'un côté la formation clinique donnée à l'hôpital en France, de l'autre un enseignement fondée sur la physiologie et la biologie dispensée dans les universités allemandes dont allait s'inspirer l'Amérique (A. Flexner, ‘Medical Education in Europe’. New-York, Carnegie Foundation, 1912). Dans notre pays, la formation du jeune médecin privilégie la pratique au lit du malade, la pathologie, l'art du diagnostic, sanctionnée par le prestige des concours hospitaliers plutôt que l’acquisition d’un corpus de connaissances scientifiques considérées comme subalternes et dont la charge est laissée à la faculté. A la fin des années 1920, cette opposition entre ces deux formes de médecine révèle toute son acuité à l'occasion des débats sur la loi des Assurances sociales. La discussion oppose les tenants de la médecine libérale aux promoteurs d’une médecine préventive offerte dans des dispensaires. Les représentants des syndicats médicaux défendent la primauté d'un art médical "allergique aux termes de collectif ou de social accolés à ceux de médecine ou d'hygiène" et se dressent contre une médecine de caisse dispensatrice de soins, certes gratuits, mais de qualité inférieure et faisant trop de cas du pasteurisme. Le progrès médical aurait-il davantage bénéficié des recherches menées à l'Institut Pasteur - BCGsulfamides, etc. – plutot qu’à l’hôpital où s'effectue l'apprentissage de la clinique?

 1945, faut-il démédicaliser la recherche médicale ?

Telle est la question posée au lendemain de la Seconde Guerre mondiale alors que les pasteuriens sont conviés à participer à la réorganisation de la section de médecine expérimentale du CNRS. Chargé de développer la fabrication de pénicilline en France, André Lwoff explique pourquoi il conviendrait, selon lui, de démédicaliser la recherche médicale : « Il ne saurait être question pour des raisons pratiques de considérer l'étude scientifique des agents des maladies infectieuses humaines comme une branche de la médecine, dit-il. (La recherche) ne se développera efficacement que dans les laboratoires ou même dans des instituts spécialisés.../ L'immunochimie est née de l'étude de la formation des anticorps bactériens par l'organisme animal qui vient d'aboutir à la synthèse in vitro de ces anticorps, tandis que l'étude des virus née des recherches sur les principes lysogènes et sur les maladies de végétaux a ouvert un chapitre nouveau de la biologie et de la biochimie. C’est ainsi que la microbiologie a conduit par des voies diverses à la solution des problèmes relatifs à la structure des protéines et a amené à rejoindre la pathologie infectieuse et la génétique. [Or], le fait que la microbiologie n'est pas enseignée dans les facultés des sciences, mais dans celles de médecine par des professeurs qui ne sont pas des spécialistes a conduit la microbiologie française vers une crise très grave » (AN 80284 - 212). Evoquant la relation problématique de la clinique et de la biologie, son collègue Louis Rapkine qui a dirigé le groupe de recherche opérationnelles du CNRS pendant la guerre suggère de s'inspirer du fonctionnement du ‘Medical Research Council' (MRC) britannique : « L'expérience anglaise est basée sur la conception que les vrais progrès en médecine expérimentale sont dus aux hommes de science et aux savants de laboratoire. C'est ainsi que les comités du MRC sont toujours constitués par trois quarts de scientifiques et un quart de médecins. C'est la méthode scientifique et non pas la méthode clinique qui est prédominante…/ En France, où l'art de la clinique est si développé, il serait sans doute bon que la recherche médicale scientifique ne s'écarte pas trop de la tradition, afin que celle-ci puisse faire profiter la médecine scientifique des résultats auxquels la clinique arrive, mais par d'autres moyens » ( L. Rapkine, ‘Rapport sur l'activité de la mission scientifique française en Grande-Bretagne, fin aout 1944, fin déc. 1945 ‘. AN 28483 - 80).

Les années 1950, la réforme hospitalo-universitaire

Les cliniciens ne l'entendent évidemment pas de cette oreille. Le pédiatre Robert Debré, une sommité médicale qui dirige le service de pédiatrie de l'hôpital Necker-Enfants malades où il a introduit les premiers laboratoires de recherche, élabore la trame d'une réforme fondée sur le renforcement scientifique de l'enseignement médical. Préparé dans la Résistance, présenté à l’Assemblée consultative du Gouvernement provisoire en 1944, Debré préconise l’instauration du plein temps hospitalier destiné à l'instauration d'un corps d'enseignants-chercheurs-hospitaliers. Cependant, alors que les ordonnances Laroque installent la  Caisse nationale de sécurité sociale qui répond d'ailleurs à ses vœux, le pr. Debré exprime le souhait que cette modernisation ne s'opère au détriment de la clinique : « quelle que soit l’organisation économique de la société – et le progrès à cet égard est indispensable et urgent -, il apparaît qu’elle ne doit pas troubler le colloque singulier entre le médecin et le malade". 

Conséquence de rivalités administratives entre la Santé et l'Education nationale, une dizaine d’années se passent avant que ne débutent les débats sur la réforme préconisée. En octobre 1956, fort du soutien du directeur des Enseignements supérieurs, Debré obtient l’installation d’un ‘Comité interministériel de l’enseignement médical, des structures hospitalières et de l’action sanitaire et sociale’ qui réunit ses confrères Jean Dausset et René Fauvert des inspirateurs de la réforme hospitalo-universitaire, Louis  Bugnard le directeur de l’INH, le dr. Xavier Leclainche celui de l’Assistance publique parisienne (AP-HP), Eugène Aujaleu le directeur général de la Santé (DGS), Clément Michel de la Fédération nationale des organismes de sécurité sociale (F.N.O.S.S.) et les doyens des facultés de médecine, Léon Binet (Paris), Gaston Giraud (Montpellier), Henri X. Hermann (Lyon), René Fontaine (Strasbourg). En novembre 1956, le Colloque national sur la recherche et l'enseignement scientifique organisé  à Caen donne l’occasion à Robert Debré et à ses confrères cliniciens de développer leurs arguments : « dans le domaine de la recherche (médicale), la France se trouve dans une situation humiliante, malgré les efforts du CNRS et de l’INH.../ Il (nous) conviendra de porter remède au malaise des praticiens qui, absorbés par leur tâche quotidienne ont des difficultés pour faire profiter leurs patients des progrès de la médecine et manquent parfois de l’équipement nécessaire …/ De nombreux pays ont ressenti depuis quelques années la nécessité de rénover leur enseignement médical pour le mettre en harmonie d'une part avec le caractère de plus en plus scientifique de la médecine et, d'autre part, avec les conditions nouvelles d'exercice professionnel, liées à la fois à l'évolution technique et aux transformations économiques et sociales des états modernes. L'Organisation Mondiale de la Santé et l'UNESCO se sont préoccupés de ce problème qui a fait l'objet d'une conférence internationale à Londres en 1953. Mais une solution est sans doute plus urgente en France qu'ailleurs parce que nous vivons encore dans ce domaine sur les principes posés au début du dix-neuvième siècle ! » Les deux années suivantes s’avèrent riches de discussions portant sur l’organisation d'un enseignement préparatoire à la recherche avec la mise en place d’un troisième cycle universitaire et sur l’unification des carrières hospitalo-universitaires censée «...réduire la concurrence stérile entre l'enseignement facultaire et les concours hospitaliers ». Au sein du comité interministériel, Debré peut compter sur le soutien actif du directeur des Enseignements supérieur, du ministère de la Santé, du dr. Victor Le Gorgeu le rapporteur du programme d’équipement hospitalier du troisième Plan ainsi que des syndicats étudiants. En revanche, d’âpres contestations proviennent du mandarinat médical. Jean Dausset envoyé en missi dominici présenter la réforme dans les facultés de province se fait huer, à Paris le doyen Binet dénonce : «le discrédit jeté sur l’enseignement médical français par le comité»...

Comme les ordonnances Laroque qui avaient créé la Sécurité sociale en 1945, Michel Debré, le premier Ministre de le V° République et fils du père de la réforme, profite des vacances parlementaires lors de la mise en place des nouvelles institutions pour publier l'Ordonnance n° 58 1373 du 30 déc 1958 relative à la création de Centres hospitaliers et universitaires (CHU), à la réforme de l’enseignement médical et au développement de la recherche médicale. L'ordonnance et ses décrets d'applications installent un corps de professeurs hospitaliers à plein temps (PU-PH), chargés d'assurer la triple fonction de soins, d'enseignement et de recherche. Mais faute des moyens budgétaires adéquats, elle n'a pu faire la place souhaitée pour cette dernière, au moins dans l'immédiat.

Les néo-cliniciens dans leurs entreprises

En fait, dès les lendemains de la Seconde Guerre mondiale, la relation  médecine - biologie est apparue comme l'enjeu crucial pour une nouvelle génération de cliniciens. A la direction de l'INH, Louis Bugnard un professeur de biophysique qui a succédé à André Chevallier crée un dispositif de bourses pour permettre à de jeunes internes comme Maurice Tubiana d'aller s'initier outre-Atlantique aux arcanes d'une 'biomedicine' en plein essor. Au Commissariat à l'énergie atomique (CEA), l'un de ses protégés, Jean Coursaget développe l'usage des marqueurs isotopiques. Correspondant de l'Organisation mondiale de la santé (OMS), Bugnard participe à l'étude des retombées atmosphériques provoquées par les explosions atomiques russes et américaines et il installe au Vésinet un 'Service de contrôle pour les radiations ionisantes' (Pr. Pellerin). Mais la modicité du budget alloué à l'INH (50 MF courants 1947) qui ne représente que 5% des sommes consacrées par le CNRS aux sciences de la vie ou du budget de l'Institut Pasteur, l'empêche de répondre aux sollicitations d'une nouvelle génération de médecins hospitaliers d'esprit scientifique. 

Ces néo-cliniciens, Jean Hamburger, Jean Bernard, René Fauvert, Georges Mathé et certains de leurs confrères réunis au sein d'un informel 'club des treize' s'affirment soucieux de développer des recherches susceptibles d'ouvrir de nouvelles voies à la thérapeutique. Ils s'intéressent moins aux maladies infectieuses, semble-t-il en voie d'éradication grâce à la révolution antibiotique, qu'aux 'maladies des matériaux' que représentent, selon le mot d'Hamburger, les néphrites,les cancers ou les maladies cardiovasculaires. Avec ses confrères, Hamburger crée une Association pour la recherche médicale efficacement abondée par l'industrie sucrière. Devenue fondation en 1962, la 'FRM' est restée très active jusqu'à nos jours pour soutenir la recherche en pathologie via un dispositif d'aides individuelles à des médecins-chercheurs. Simultanément, à l'Assistance publique parisienne, le dr. Xavier Leclainche son directeur et le pr. Raoul Kourilsky installent en concertation avec l'Institut national d'hygiène une Association Claude Bernard (ACB) destinée à introduire la recherche de laboratoire dans le service des néo-cliniciens. Avec l'INH, l'ACB constitue ainsi la matrice de l'Inserm dans lequel elle sera d'ailleurs absorbée.
 

Les premiers centres de recherche installés par l'ACB et l'INH (devenus ensuite unités Inserm)

1952, C. de nutrition et de diététique humaine (Trémolières à Bichat) deviendra première unité de recherche Inserm (U 1)

De 1956 à 1959

CR sur l'insuffisance rénale de Jean Hamburger à Necker (U 25)
C. d'allergologie de Bernard Halpern à Broussais (deviendra U 20, allergie et immunologie)
CR sur les leucémies et maladies du sang de Jean Bernard à Saint-Louis
C. d'immuno-pathologie et pathologie respiratoire de Raoul Kourilsky à Saint Antoine (U 23)
C. médical de neurophysiologie appliquée de Jean Scherrer à la Salpetrière (U 3)
CR biologiques néonatales d'Alexandre Minkowski à Cochin (U 29, biologie néonatale)
C. de Biologie de René Fauvert à Beaujon (U 24, recherches isotopiques)
C. de gérontologie de François Bourlière à Sainte Perrine
CR expérimentales sur les médicaments de Lechat aux Cordeliers
C de Chirurgie expérimentale de Vaysse et Dubost à Broussais
CR cardiologiques de Jean Lenègre et Scébat à Boucicaut
C. de physiologie cellulaire appliquée à la radiologie et au cancer de Raymond Latarjet à l'I. Curie (U 22)
C.de recherche de pathologie chirurgicale de Mallet-Guy à l'Hop. E. Herriot à Lyon
C. de recherche sur la tuberculose de Robert Debré à Limeil-Brévanne
UR de génétique médicale de Maurice Lamy à Necker (U 12)

De 1960 à 1962

C. Cancer de Boulanger au CHU de Lille (U 16)
C.Gastro-entérologie, Serge Bonfils, Lambling à Bichat (U 10)
C. de physiologie animale de Housset et E Roux
CR cancérologiques (U 50, futur ICIG) de Georges Mathé à Paul Brousse
UR statistiques de Daniel Schwartz à l'Institut Gustave Roussy (U 21)

 
Les années 1960, le temps des grands programmes

Avec le retour du général de Gaulle aux affaires, la V° République soucieuse de donner une nouvelle impulsion à la modernisation du pays réunit une assemblée d'experts, un comité des sages (CCRST) épaulé d'un exécutif, la 'Délégation à la recherche scientifique et technique' (DGRST).  Le doublement du budget public de la recherche permet à la DGRST de lancer des 'actions concertées' dont cinq concernent les sciences de la vie : neurophysiologie et psycho-pharmacodynamie, nutrition, applications de la génétique, cancers et leucémies', confiée au pr. Jean Bernard, et surtout un action biologie moléculaire dont le pilotage est confié à Jacques Monod, l'un des lauréats du prix Nobel de 1965 avec André Lwoff et François Jacob.

dgrst

Source : Notes et Etudes doc., D. F., 1965

L'administration se penche aussi sur le fonctionnement des organismes historiques pour constater que l'INH n'a pu répondre aux nouvelles orientations de la recherche dans les sciences du vivant, voire qu'il n'a su procéder à l'aménagement des carrière de médecins-chercheurs préconisé par la réforme hospitalo-universitaire de 1958. Son démembrement est suggéré et ses restes partagés entre le CNRS qui récupérerait ses activités de laboratoire et le ministère de la Santé ses fonctions en matière de santé publique. En fait, la transformation de l'INH en Inserm  (Institut national de la santé et de la recherche médicale) opérée en 1964 procède d'une part du souci de la Santé de ne pas se laisser déposséder de ses prérogatives scientifiques, de l'autre du souci des néo-cliniciens de s'insérer dans les voies nouvelles de la médecine moléculaire évoquées par l'hématologue Jean Bernard. Maintenu sous la tutelle du ministère de la Santé et sur les conseils du cancérologue Georges Mathé qui a participé à l'action concertée biologie moléculaire, un décrêt du 18 juillet 1964 installe l'Inserm dont la direction est confiée à Eugène Aujaleu qui vient de quitter la DGS. Cet aboutissement logique de la réforme hosipitalo-universitaire voit l'Inserm chargé de prendre la relève des programmes de la DGRST budgétés au Vème Plan. Ces actions concertées donneront les 'actions thématiques programmées' (ATP) de l'Inserm au cours des années 1970.  Simultanément, le nouvel institut lance un programme d'équipement de laboratoires, dont la moitié en province dans le cadre d'une politique de conventionnement avec les Centres hospitaliers universitaires (CHU) et régionaux (CHR). Il est doté d'un conseil scientifique et de treize commissions scientifiques spécialisées (CSS) dont l'agencement traduit la priorité désormais accordée à la médecine moléculaire (CSS 1 et 2), l'épidémiologie et la médecine préventive étant reléguées en fin de nomenclature (CSS 13)

Les années 1970, l'essor de la médecine moléculaire

Inscrite dans l'héritage du pasteurisme et nourrie des voies ouvertes par la biologie moléculaire, tracées par la nouvelle politique scientifique, l'immunologie est devenue le nouveau langage de la médecine évoqué par Anne-Marie Moulin. Le Centre Hayem de l'hôpital Saint-Louis essaime pour donner naissance aux laboratoires de Maxime Seligmann (U Inserm 108 'immunochimie et immunopathologie') ou de Jean Dausset  (U Inserm 93 Immunogénétique de la transplantation) où l'on aboutit à l'identification du système d'histocompatibilité 'Human Leucocyte Antigene' (HLA) récompensé par le Nobel de 1980, puis aux applications cliniques de cette découverte en matière de greffes d'organes. A Cochin Jean-Paul Lévy un élève de Jean Bernard crée l'unité Inserm 152 'Immunologie et oncologie des maladies rétrovirales' qui donnera naissance à l'Institut Cochin de génétique moléculaire' (ICGM). Georges Mathé installe son Institut de cancérologie et d'immunogénétique (ICIG) à l'hôpital Paul Brousse de Villejuif.  A Necker, Jean-François Bach prend la succession de Jean Hamburger dans une unité de recherche consacrée aux maladies auto-immunes, à leur mécanisme génétique et à leur traitement (U. Inserm 25). En endocrinologie, les travaux d'Etienne-Emile Baulieu en chimie des stéroïdes débouchent sur un antiprogestérone de synthèse, le RU 486, la pilule anti-conceptionnelle du deuxième jour. Dans la perspective d'une politique de décentralisation menée en coopération avec le CNRS, des grands instituts sont installés en coopération avec l'industrie pharmaceutique. A Strasbourg, le 'Centre de recherche sur la biochimie de la cellule cancéreuse' de Paul Mandel  donne naissance à l'Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire  (IGBMC) de Pierre Chambon, tandis qu'à Marseille François Kourilsky et Michel Fougereau créent le Centre d'immunologie de Marseille Luminy (CIML), un campus scientifique destiné à l'étude du système immunitaire et au développement des marqueurs génétiques. En 1979, la découverte des premiers anticorps-monoclonaux conduit le 'CIML' a ouvrir une filiale, 'Immunotech'. Ces développements de la recherche médical s'inscrivent dans un contexte international. L'Inserm internationalise l'usage de la documentation scientifique en passant une convention avec la 'National Library of Medicine' américaine pour donner accès à la base de données Medline. En 1974, à la suite d'un accord inter-gouvernemental passé au plus haut niveau, l'institut devient un partenaire du 'National cancer program' lancé par l'administration Nixon aux Etats-Unis.

Les années 1980, les assises de la recherche

En 1981, avec l'élection de François Mitterrand, la Gauche accède au pouvoir pour la première fois sous la Vème République. Le pasteurien François Gros et Philippe Lazar de l'Inserm sont chargés d'organiser des assises de la recherche. Les débats animés par la communauté scientifique révèlent son souci de privilégier la liberté de la recherche plutôt que sa programmation. Les chercheurs dénonçent le 'pilotage par l'aval', soi-disant préjudiciable à la recherche fondamentale, tel qu'il a été mené à l'Inserm et au CNRS au cours de la précédente décennie. Détaché de la Santé et pour être rattaché à la Recherche, l'Inserm placé sous la direction de Philippe Lazar est doté en 1984 du statut d’établissement public à caractère scientifique et technique (EPST). Ses chercheurs bénéficient du même statut que leurs collègues du CNRS, ce qui profite d'ailleurs à un important recrutement de non-médecins, trois quart de l'incrémentation de postes dans les années 1980, tandis que divers dispositifs de programmation scientifique (ATP, PIR, etc.) sont abandonnés. Cependant, force est de constater que le choix de privilégier la liberté des chercheurs au détriment de leur pilotage a suscité des difficultés lorsqu'il s'est agi répondre aux évolutions de la conjoncture scientifique. Ainsi, l'épidémie de sida prend l'Inserm à contrepied lorsque apparait une nouvelle maladie infectieuse.  A  l'instigation d'un groupe de cliniciens hospitaliers l'identification du rétrovirus responsable de la maladie est réalisée à l'Institut Pasteur (Nobel 2008 de Luc Montagnier et Françoise Barré Sinoussi). Puis, de nouveaux protocoles thérapeutiques et la surveillance de l'épidémie sont confiées à de nouveaux opérateurs placés sous la tutelle de la Santé, un 'Institut de veille sanitaire' (aujourd'hui 'France Santé Publique') et de la Recherche avec une 'Agence nationale de recherche sur le sida' (ANRS).  Sous la direction de Jean-Paul Lévy, l'ANRS est appelée à jouer un rôle majeur dans la mise au point des thérapies anti-rétrovirales via une efficace coopération interorganismes (Inserm, Pasteur, CNRS, CHU-CHR, etc.). En termes d'initiatives, le même décalage se vérifie dans le cas du programme génome humain. Lancé aux Etats-Unis au milieu des années 1980 le 'Human Genome Program' (HGP) est l’archétype de l’intrusion de la 'big science' dans les sciences de la vie et requiert, en conséquence, d'importants moyens de fonctionnement. Cette sujétion dissuade l'Inserm d'y apporter sa participation, moyennant quoi l'initiative en revient au 'Centre d'étude du polymorphisme humain' (CEPH), une fondation de droit privé installée en 1984 à l'hôpital Saint-Louis par Jean Dausset et Daniel Cohen. Le CEPH est bientôt relayé par l'’Association française contre les myopathies’ (AFM) dont le président, Bernard Barataud,  jouera un rôle crucial dans l'installation d'un ensemble de laboratoires dédiés à la génomique, le Généthon dont est issu un groupement d'intérêt public, le Génopole d'Evry


Les années 1990, la médecine 'translationnelle'

Ainsi, le rapprochement de la biologie moléculaire et de la médecine a tranformé la nature de la recherche médicale pour en faire un axe majeur des sciences de la vie. On parle désormais de médecine translationnelle, un terme d’origine anglo-saxonne pour désigner le transfert des avancées de la recherche vers les applications cliniques. L'Inserm s'inscrit dans cette évolution lorsqu'en 1989 le cardiologue Pierre Corvol, installe les centres d'investigations cliniques dans les les CHU. De leur côté, le ministère de la Santé et la direction de l'Assistance publique ont participé au mouvement en lançant un 'Programme hospitalier pour la recherche clinique' (PHRC), tandis que le retour des cliniciens à la direction de l'Inserm s'incarne avec la nomination à sa tête de PU_PH Claude Griscelli en 1996, et de son successeur Christian Bréchot. En effet,  l'hôpital Necker, est le fief de la médecine génétique, le lieu où Alain Fischer et Marina Cavazzano réalisent une première génothérapie réussie sur des nourrissons dépourvus de système immunitaire, là ou sera installé le premier IHU, l'Institut des maladies génétiques (IMAGINE) . "J'ai toujours été surpris de constater à quel point certains confrères et non des moindres continuaient de manifester une certaine condescendance vis-à-vis la recherche clinique constate Griscelli. Assez hostile à l’esprit clinicien, Philippe Lazar s’était davantage éloigné de la recherche clinique que ne l'avaient déjà fait ses prédécesseurs.  Pour moi, en tant qu'hospitalo-universitaire, le malade a toujours été au cœur de mes réflexions et je regrettais que l’Inserm passe à côté de ce qui constituait l'une de ses missions fondamentales.../ En fait, j'ai toujours déploré le fossé persistant entre les fondamentalistes et les médecins, une dichotomie alimentée par un mépris réciproque qui me consterne. Je sais bien que certains médecins ont choisi d'être de purs chercheurs. Mais si je respecte leur choix, je regrette qu'ils n'aient pas choisi la même voie qu’Alain Fischer ou qu'Arnold Munnich qui ont accepté d’être chercheurs en même temps que PU-PH. Je suis convaincu qu'il n'y a nul besoin d'avoir un Q.I. exceptionnel pour cela. L'essentiel, c'est la motivation".  Le rééquilibrage de la recherche médicale vers la clinique s'opère grâce aux  'Missions d'enseignement, de recherche, de référence et d'innovation' (MERRI) dotées d'un budget conséquent par le ministère de la Santé. 

budgetrecmed 2003

 
Le CEA comme modèle de réorganisation

Au début des années 2000, la crise de l'emploi scientifique suscite une profonde vague de réformes alors que le Commissariat à l’énergie atomique (CEA) apparait comme un modèle de référence pour réorganiser la recherche publique. Créé au lendemain de la Seconde Guerre mondiale pour promouvoir l'énergie nucléaire et les technologies qui l'accompagnent, cet établissement a su marier la recherche scientifique et le progrès technique au profit de la physique nucléaire, sans négliger pour autant ses applications biologiques. Au CEA, André Syrota le responsable de l’hôpital Frédéric Joliot-Curie, s’est appuyé sur la physique quantique pour développer l’imagerie par résonnance magnétique nucléaire (RMN). Au début des années 1990 alors que s'achèvent les programmes d’équipements civils et militaire du CEA il a pris la direction de son département des sciences du vivant (DSV) qui installe sous son impulsion de nouveaux instituts comme ‘Neurospin’ où les progrès de l'imagerie fonctionnelle soutiennent l'essor des neurosciences, l'Institut de Génomique' qui prend la tutelle du Génopole d’Evry ou l''Institut des maladies émergentes et des thérapies Innovantes' de Fontenay-aux-Roses où est réalisée la première génothérapie contre la β-thalassémie. Au ministère de la Recherche en 2005, le chimiste Bernard Bigot confie à Gilles Bloch, l'ancien collaborateur d'André Syrota au CEA, le soin de créer une Agence nationale de la recherche (ANR) chargée d'assurer la tutelle des EPST (CEA, CNRS, INRA (agronomie), INRIA (informatique), Inserm, etc.). Dans la perspective de rapprocher la recherche de l'Enseignement supérieur, l'évaluation scientifique est confiée à un ‘Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur’ (HCERES) et s'inscrit désormais dans les critères de comparaisons internationaux (Thomson Reuters, ARWU Shanghaï, etc.). Ainsi, le rapprochement des établissements d’­enseignement supérieur et des EPST préparé par Gilles Bloch peut s’apprécier à la mesure de la quatorzième position obtenue par l’'Université Paris-Sud' (ex-Paris-Orsay, ENS-Cachan, I. Gustave Roussy, CHU Kremlin-Bicêtre, CEA, Inserm, CNRS,…) dans le classement de Shanghaï 2020, entre les universités américaines de Californie (UCLA) et Johns Hopkins. Nommés à la direction de l'Inserm en 2007, André Syrota et Thierry Damerval installent une 'Alliance pour les sciences du vivant' (Aviesan) chargée de coordonner les activités de l'Institut Pasteur, du CNRS, de l'Inserm et des Centres hospitalo-universitaires (CHU).  Dans l'esprit de la réforme Debré de 1958 (cf. supra), la commission Marescaux composée de cliniciens propose l'installation d'instituts hospitalo-universitaires (IHU), des organismes dotés d'un statut de fondation qui leur permet de disposer d'une large autonomie, notamment budgétaire, afin d'associer des CHU à des laboratoires de recherche privés ou publics.

Les six premiers Instituts hospitalo-universitaires en 2010

Imagine : Institut Hospitalo-universitaire Imagine ( Pr Alain Fischer- AP-HP-CHU Necker)
MIX-SuRg : Institut de Chirurgie Mini Invasive Guidée par l'Image ( Pr Jacques Marescaux, Hôpitaux universitaires de Strasbourg)
POLMIT Institut hospitalo-universitaire en maladies infectieuses ( Pr Didier Raoult, Université d'Aix-Marseille AP-HM)
ICAN : Institut de Cardiométabolisme et Nutrition (Pr Karine Clément, Sorbonne UniversitéHôpital de la Salpêtrière)
IHU-A-ICM : Institut de Neurosciences Translationnelles de Paris (Pr Bertrand Fontaine, Sorbonne UniversitéHôpital de la Salpêtrière 'Institut du cerveau et de la moelle épinière)
LIRYC : L’Institut de RYthmologie et modélisation Cardiaque (Pr Michel Haïssaguerre, CHU Bordeaux)


La recherche médicale face à l'infection

En 2020 une nouvelle épidémie surgie en Chine, autrement plus sévère que les précédentes, met à rude épreuve le dispositif de recherche médical paradoxalement axé sur les plus récentes avancées des sciences de laboratoire. Du côté de la clinique, les déclarations péramptoires de Didier Raoult sur l'efficacité de la chloroquine pour lutter contre l'épidémie de covid-19, contestée à la suite d'essais insuffisamment validés, se superpose à un conflits de compétences entre l'IHU de Marseille qu'il venait de créer (POLMIT) et l'Inserm dont le directeur, Yves Lévy, prétendait reprendre la tutelle au lendemain d'une évaluation négative rendue par le HCERES. Le conflit révèle toute son acuité au printemps 2020 lorsque le pr. Raoult conteste la mise en place du conseil scientifique covid-19 par le ministère de la Santé, ce qui ne manque évidemment pas de jeter un discrédit inopportun sur  la recherche médicale. D'un autre côté, les mécomptes de l'Institut Pasteur face aux évolutions de la conjoncture scientifique révèlent les faiblesses de l'organisme historique en matière d'infectiologie, de tests, de vaccins, etc. De manière prémonitoire, lors de la démission de son directeur Philippe Kourilsky en 2004, Jean-Paul Lévy son conseiller pour les affaires médicales s'interrogeait d'ailleurs sur l'inaptitude pasteurienne à se défaire de l'opposition stérile entre la recherche fondamentale et ses applications : "à l'Institut Pasteur, la divinisation du tout fondamental qui lui est liée depuis quarante ans mérite d'être remise en question, même si beaucoup d'esprits ont du mal à mettre en cause les dogmes de leur jeunesse.../ Plus encore qu'ailleurs, il règne autour de tout cela une sorte de snobisme qui distingue les vrais chercheurs des autres, la valetaille.../ Forte d'une base historique solide qui remonte à la naissance même de l'institution, la microbiologie s'était un temps estompée au moment où se développait la génétique moléculaire, alors que l'on pensait les maladies infectieuses en voie de disparition, du moins dans les pays riches grâce à l'hygiène, aux vaccins et aux antibiotiques.../ Mais aujourd'hui, nous savons que l'infection bactérienne, virale, parasitaire ou mycosique sans oublier les prions, est revenue en force et qu'elle ne nous quittera pas.../Contrairement aux visions étroites de quelques-uns, ce sont toutes les disciplines qui devraient être privilégiées sans préjugés aristocratiques, de la recherche fondamentale à la collaboration avec le monde médical et la santé publique".

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