GENATLAS
(note de Jean Frézal, http://www.dsi.univ-paris5.fr/genatlas/webimpbio.html, s.d.)
Il y a théoriquement en médecine trois types de
préventions : les préventions primaire, secondaire et
tertiaire.
La prévention primaire se définit comme
l’évitement de la cause même de la maladie. Dans le
cas qui nous préoccupe, cela n’est pas envisageable car
les mutations du matériel génétique sont
liées à des facteurs environnementaux
incontrôlables tels que les radiations.
La prévention secondaire se définit comme la
pré-vention non pas de la survenue de la maladie, maisde ses
conséquences physiques et de ses complications. Dans le cas des
maladies génétiques, la prévention secondaire peut
se concevoir par une intervention in
utero, en période néonatale, ou plus tard selon la nature
du déficit primaire.Un traitement néonatal peut
être institué dès lors que les conséquences
de la maladie ne sont pas encore irréversibles à ce
stade. C’est le cas par exemple de la
phénylcétonurie. Dans cette maladie
génétique, l’absence de l’enzyme n’est
préjudiciable pour l’enfant que dès lors
qu’il absorbe des protéines contenant de la
phénylalanine. Un régime alimentaire approprié
permet d’éviter l’apparition postnatale du retard
mental. Un traitement plus tardif ou un retrait de tout facteur
d’exposition déclenchant peuvent également
s’envisager plus tard dans la vie si l’expression de la
maladie est elle-même tardive.
La prévention tertiaire consiste à prévenir le
handicap social et les complications telles, par exemple, les
déformations posturales dans la myopathie. C’est la
prévention qui a été la plus extensivement mise en
place ces dernières années, car elle correspond à
la pratique médico-sociale standard. Malheureusement elle ne
modifie l’évolution naturelle de la maladie que dans 50 %
environ des maladies génétiques connues à ce jour.
L’objet de la médecine prédictive serait donc de
développer la prévention secondaire : connaissant le
polymorphisme génétique d’un individu et ayant
identifié les polymorphismes susceptibles de favoriser la
survenue d’affections graves, il s’agirait de prendre des
mesures (retrait d’exposition, changement de mode de
l’ambition constante des chercheurs fut de dresser des cartes
génétiques semblables pour d’autres espèces
et notamment pour l’homme. C’est une entreprise qui
n’allait pas de soi ! La première attribution ne date que
de 1947 et concerne les gènes de l’hémophilie et du
dal- tonisme que Julia Bell et J. B. S. Haldane situèrent,
à proximité l’un de l’autre, sur le
chromosome X. Il fallut attendre 1951 pour que la première
liaison entre deux caractères autosomiques (non portés
par un chromosome sexuel) soit établie par J. Mohr. Il
s’agissait du groupe sanguin Lutheran et du caractère
secréteur. Enfin, la première attribution d’un
gène à un chromosome autosomique est due à R. B.
Donahue. Il s’agit du facteur sanguin Duffy, localisé sur
le chromosome 1. De ce bref rappel historique, on voudra bien retenir
que la cartographie a « oscillé », dès le
départ ou presque, entre deux approches. Pour la cartographie
physique, la référence est le chromosome et les
repères sont les bandes cytogénétiques. La
cartographie génétique repose sur l’étude
des ségrégations dans les familles.
Au Congrès international de génétique humaine qui
s’est tenu à Paris en 1971,quelques équipes, dont
la nôtre, présentaient les premiers résultats
obtenus de l’hybridation interspécifique de cellules
somatiques en culture. À cette date, on dénombrait moins
de 20 paires de liaisons. Seize années plus tard, au
séminaire sur la cartographie des gènes de l’homme,
tenu à Paris, quelque 1 000 gènes étaient
localisés sur les chromosomes et la plupart l’avaient
été par la méthode d’hybridation. Une petite
centaine de maladies étaient cartographiées. La plupart
l’avaient été à partir des données
relatives aux gènes et sans référence à la
maladie. Le premier succès de la méthode
génétique fut obtenu en 1983 par J. Gusella, qui localisa
le gène de la chorée de Huntington sur le chomosome 4.
D’autres maladies ne sont pas liées à une mutation
mendélienne stricte, mais à ce qu’on appelle un
gène majeur de susceptibilité. Dans ce cas, la
présence de la mutation est nécessaire mais pas
suffisante. Il faut l’intervention d’autres gènes ou
de facteurs de l’environnement pour que l’affection se
constitue. Le raisonnement tenu pour les maladies mendéliennes
reste valable, à ceci près que la prédiction est
encore plus mauvaise puisque l’incertitude porte non seulement
sur l’âge de survenue de la maladie et sa
sévérité mais aussi sur la probabilité de
survenue de la maladie elle-même. Les gènes majeurs de
susceptibilité se transmettent selon les lois de Mendel.
L’exemple en est la spondylarthrite ankylosante, qui est un
rhumatisme inflammatoire chronique. Les formes familiales ont une
prévalence inférieure à 1 pour 1 000. Dans ces
familles la maladie est associée à HLA-B27, gène
présent chez 95 % des patients mais qui n’explique que 30
à 40 % de la prédisposition génétique. Les
maladies ayant une forte composante génétique sont
d’ores et déjà connues.
On comprend donc le renouveau des études familiales. Ce sont
elles qui expliquent la véritable explosion de la cartographie,
comme le montre la consultation de notre base de données
Genatlas qui enregistrait plus de 10 000 gènes au printemps 2000
ainsi que plus de 2 000 phénotypes dont près de 1 500
maladies mendéliennes, le tout assorti de plus de 30 000
références. Si l’on rappelle que le nombre des
gènes de l’homme ne dépasse guère les 30
000, on peut en déduire que les méthodes classiques
avaient permis d’identifier, avant même le
déchiffrage complet, ou presque, du génome, une
proportion significative des gènes de l’homme et
l’on peut tenter d’en tirer quelques enseignements ou
quelques conclusions.
Lors d’une enquête par questionnaire auprès de 170
professionnels de 15 pays, effectuée en 1999 au nom de la
Société européenne de génétique
humaine, il est apparu qu’aucun programme de dépistage
génétique n’est commun à tous les pays
européens en dehors
du dépistage néonatal historique. La plupart des
dépistages sont effectués dans le cadre
d’enquêtes pilotes ou limitées à des
populations à haut risque. Pour les dépistages en
période néonatale, tous les pays dépistent la
phénylcétonurie et l’hypothyroïdie, cinq pays
la galactosémie, l’hyperplasie congénitale des
surrénales, évidemment pas compte de tous les
progrès réalisés auxquels la biologie
moléculaire a apporté une contribution décisive.
Il reste que la cartographie en a été un moteur puissant
et qu’elle se situe à l’articulation entre
connaissance fondamentale et application médicale. C’est
la raison pour laquelle nous avons intégré dans Genatlas
des informations sur la structure et la fonction des gènes et
mis l’accent sur les maladies génétiques. Par
maladie génétique, nous entendons non seulement les
maladies mendéliennes, mais encore des prédispositions
à des maladies communes comme les allergies l’hypertension
artérielle ou les psychoses, prédispositions qui
dépendent habituelle ment de plusieurs ou de nombreux
gènes (polygéniques) et de facteurs de
l’environnement.
Genatlas, une base pour l’intégration des données
de la biologie et de la médecine à la cartographie .Cette
base a pour objet d’enregistrer et d’intégrer les
résultats des travaux sur la localisation et
l’identification des gènes et des maladies. Cet outil met
à la disposition de la communauté scientifique et
médicale internationale les informations incluant la structure,
l’expression, la fonction des gènes et les interactions de
leurs produits , mais également les mutations et leurs
conséquences pour les maladies. Il est utile aux chercheurs
biologistes et généticiens engagés dans la
recherche d’un gène et de sa fonction et aux
médecins pour l’aide à l’identification des
maladies, le conseil génétique et le diagnostic
prénatal .
Créé en 1986, Genatlas compile les informations
pertinentes qui complètent les données cartographiques
sur les gènes et les maladies à partir, à ce jour,
de 50000 articles de la littérature collectés dans plus
de 870 revues et la littérature électronique. Ces
données sont intégrées les unes aux autres dans le
but de répondre à différentes questions : quels
gènes pour une maladie ? quels caractères et quelles
fonctions pour les gènes ? quelles maladies pour les
gènes ? Genatlas a le soutien de l’INSERM
puisqu’elle est rattachée à U393 dirigée par
Arnold Munnich et de l’université René Descartes
qui héberge l’application dans son centre de calcul DSI.